一定会返回陕西，很有可能会西进成都平原，主力部署于陕西发挥不了作用，因此他拒绝执行杨嗣昌的命令，二月初，他率主力入川。
杨嗣昌对左良玉不服调遣很不满意，他将相关文书报送崇祯皇帝，作为证据，表明如果打了败仗与自己无关，由左良玉承担全部责任。
他立存此照，恰恰证明了自己的无知。
二月七日，左良玉所统主力和陕西官兵在四川太平玛瑙山追上张献忠，张献忠据守山顶，迎战官军。官军分三路发动进攻，杀民军三千五百多人，最终攻上山顶，并袭击了张献忠的老营。张献忠大败而逃，妻妾敖氏、高氏等七口以及军师潘独鳌被官军俘获，十反王杨友贤投降。
三月，陕西官军贺人龙、李国奇部在韩溪寺盐井、木瓜溪等地连续大败张献忠，张献忠部将左营一条龙（薛成材）、右营顺天王（贺国）、前营两只虎先后投降，张献忠带领残兵败将，逃入荒山野岭。
左良玉违抗杨嗣昌的命令取得了重大胜利，实践证明，久经战阵的左良玉的看法要比只会纸上谈兵的杨嗣昌高明的多。
然而杨嗣昌并没有认识到差距，也没有自知之明，仍然打算将瞎指挥进行到底。
他一面向朝廷报功，一面命令左良玉进山搜剿，左良玉曾经在熊文灿逼迫下入山围剿，结果吃了大亏，差点把命丢了，一朝被蛇咬，十年怕井绳，因此不赞同进山围剿，拒绝服从命令，杨嗣昌与左良玉矛盾尖锐起来。
玛瑙山战前，杨嗣昌见左良玉桀敖不驯，就向朝廷建议起用陕西的贺人龙取代左良玉之职，战役胜利后，杨嗣昌又觉得贺人龙无论在能力还是威望上都不如左良玉，又担心临阵换将乃兵家大忌，于是又让朝廷收回成命。
左良玉得知此事，对杨嗣昌更加不满，从此托病不出，而贺人龙听说自己被任命为大将十分高兴，不料因杨嗣昌反对没有成功，空欢喜一场，也对杨嗣昌也很不满。
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